Qu’est-ce qu’une classification naturelle ?

Il s'agit de donc pour nous de chercher ce qui permet de faire une classification qui peut recevoir la qualification de « naturelle ». Quel critère permet le mieux de déterminer une telle classification ? Il s'agit de cette façon de s'attacher surtout aux critères discriminant élus, en tant que c'est lui qui fait d'une classification une classification artificielle ou naturelle. Mais nous remarquons alors qu'une classification est naturelle non en ce qu'elle a su trouver le bon critère discriminant qui lui permet de suivre l'ordre de la nature, mais en corrélation de l'image que l'on se fait de la nature.
De cette façon, il s'agit dans un premier dans saisir si une classification dite naturelle doit rendre l'ordre de la nature, c'est à dire l'ordre hiérarchique des animaux et des plantes, selon une vision ascendante de la complexité des structures. Cette méthode semble en effet s'imposer de façon justement assez naturelle, puisqu'il s'agit de partir des éléments les plus simples de la nature pour en arriver aux plus complexes, à savoir l'Homme. Mais nous pouvons constater que cette méthode ne peut être réellement dite naturelle en ce qu'elle repose sur une perception axiologiquement connotée de la nature et est le fruit d'un anthropocentrisme. Il semble alors que la méthode la plus naturelle réside dans l'observation et la répartition des êtres vivants en fonction de leurs caractères communs. Cette méthode est ainsi fondée sur la ressemblance des éléments de la nature. Avec cette méthode, il nous semble bien avoir atteint enfin un mode de classification qui correspond tout à fait à l'ordre de la nature. C'est du mois le sentiment des scientifiques de cette époque (XVIIème). Mais il faut prendre en compte les présupposés non négligeables de cette méthode, à savoir la stabilité totale des espèces. Or l'intervention de l'évolutionnisme change le point de vue. Il ne s'agit plus de chercher les ressemblances de caractères, mais les liens de parenté. Tel est le critère qui semble décisif. Nous verrons alors comment ce critère est appréhendé au cours des XVIIIème et XXème siècle, avec l'apparition notamment de nouveaux éléments de la nature à prendre en compte, les bactéries. On passe ainsi d'une systématique de caractère à une classification phylogénétique, puis cladistique.